这一季也是《迷失》的最后一季。第六季同样是跟随两个时间线，两条时间线在第五季结尾核弹爆炸后出现。第一条时间线，称为“闪边世界”，海洋航空815航班没有坠毁于小岛上。第二条时间线，是原来的时间线，在核弹爆炸后，生存者们时空转…

第五季跟随着两条时间线: 第一条时间线是发生于小岛上，没有离开小岛的生还者经历着不规则的时空转移，最后他们被困于1974年的时空中；第二条时间线延续了原来的时间线，描述离岛生还者在小岛外的故事，以及他们于2007年搭乘Ajira航…

八年前，安迪的母亲送他一具叫“柴克”的玩偶，不料这具玩偶已被一残暴的杀人凶手的灵魂附身，而他极需再寻求另一替身转换，因此安迪就成为他的目标。经过一场大战后，柴克终于被熔毁，但是安迪始终摆脱不了这场恶梦。八年后，十六岁的安…