2009年，世界各地发生多起恐怖事件，日本政府因此设立了反恐组织“Shade”。该组织汇聚了各领域的精英，并取得了巨大成果。但该组织被发现在进行将人类洗脑，并改造成生物兵器的实验，所以最终被解散，其创始人德川清山也被逮捕。在朝日…

美术馆仓库内的一副石棺因为意外而打开，被封印了800年的Greeed因此而复活。复活后的Greeed力量并不完全，所以他们以组成身体的硬币制造出“Yummy”。Yummy通过吸食人类欲望而成长，同时体内的硬币也会增加。Greeed以此收集硬币。偶…

2016年，由于开始侵蚀世界的怪人“BugStar”=未知的电脑游戏病毒侵蚀开始。为了救助感染者，决定与BugStar战斗的天才玩家宝生永梦变身为假面骑士Ex-Aid。各种游戏类型的骑士们出现！Game Start！熟玩众多的游戏，将BugStar根绝吧…

2018年秋季 ――在梦想成为王，2000年出生的主人公面前突然出现的时光机。 从这台时光机出现的一位神秘女孩告诉他。 “我来自2068年。未来的世界被魔王统治，人们受尽痛苦，创造了一个没有希望的世界”。 为了改变那绝望的未来世界而回到…

2016年，由于开始侵蚀世界的怪人“BugStar”=未知的电脑游戏病毒侵蚀开始。为了救助感染者，决定与BugStar战斗的天才玩家宝生永梦变身为假面骑士Ex-Aid。

目标成为幽灵猎人的天空寺 武，得到从亡父天空寺 龙送来的幽灵眼魂（Ghost Icon），却被盯上其物的异世界怪人眼魔杀死。为救青梅竹马，决定使用幽灵眼魂和Ghost驱使器变身，成为假面骑士Ghost以99天短暂的生命复苏。为了收集能实现愿望的…

东都、西都、北都的战争结束后，在潘多拉魔塔内建立起了新政府，各都由三位都长管理。然而这三位都长却在就职演讲上扬言要歼灭创骑，一场新的危机降临了，战兔最后的实验开始了！

战兔创造了新世界后，除了战兔和龙我外，所有人都失去了有关假面骑士、天空之壁等的一切记忆。然而某一天，突然从白色的潘多拉金属板中出现了一个未知的外星生命体，他利用龙我恢复了潘多拉魔盒，并企图利用魔盒的力量毁灭全宇宙，而拯救…