想一想、笑一笑和哎呦喂三个小精灵不仅给睡不醒王国找到了梦的能量，还带回了人类世界中很多新鲜的美梦，美梦中那些可爱的朋友，有趣的故事，甚至是美味的食物都让睡不醒王国的呼噜小精灵们向往不已，于是睡不醒国王决定，再派三个小精灵…

小智一行来到了全新的阿罗拉大陆，迎接小智的是全新的冒险与挑战！究竟这里的精灵和别的地方有什么不一样呢？造成这样的原因又是什么呢？

述踏上新冒险之旅的小智与皮卡丘，还有小刚等，路途上遇见楚楚可怜的女性“艾莉丝”，并一同前往象征“时空之塔”的白杨镇，在那里将举办口袋妖怪华丽大赛。然而，最近在白杨镇出现一个来历不明的口袋妖怪，他会让人与口袋妖怪昏厥并产生…

为了参加下一场神奇宝贝华丽大赛，小智，小光和小刚一行人来到了阿拉莫斯镇。他们在镇上遇见了一个名叫爱丽斯的漂亮女孩。爱丽斯带着大家四处游览，并参观这里的标志性建筑——时空之塔和一座美丽庭园。在这座庭园里，小智发现了可疑的影…

在这世界反面存在着的,像镜子一样的不可思议的世界……「反转世界」.那里是只有基拉帝纳居住的特殊空间.以那反转世界为舞台,迪亚鲁加和基拉帝纳展开了激烈的战斗! 为什么两只小精灵会战斗起来…….反转世界惊人的秘密究竟是!? 在持续旅行…

达莫斯背叛了前来接受生命宝珠的圣灵兽，不仅私藏了宝珠，还让口袋妖怪向它发起攻击。多年之后，圣灵兽从沉睡中醒来。“审判的时刻到来了，”说着它展开了报复。整个市镇不断爆炸，被烟雾所笼罩。达莫斯的后裔希娜把生命宝珠还给了圣灵兽…

正在伊修地区旅行的小智与皮卡丘、艾莉丝以及丹特，来到了城中央有着大地之剑之称的小镇艾因多奥克。这座小镇曾经是很繁荣的大地之民的王国，但是现在衰落了。小智一行人参加了艾因多奥克举办的收获庆典，就在这个里它们遇到了梦幻般的小…

为了成为合格的神奇宝贝训练师，小智（松本梨香 配音）、天桐（宫野真 配音）、艾莉丝（悠木碧 配音）带着各自的小伙伴继续在世界各地旅行。这次他们来到了美丽的山中小镇艾茵多奥克参加神奇宝贝的比赛，在比赛的时候，小智多次得到一个…