立志成为第一流的神奇宝贝大师，小智他们依然继续踏上旅程。这天，当小智与训练家的战斗结束之后，他们收到一封由快龙送来的神秘招待券。招待券里面写着：‘你们是最被看好、最有前途的神奇宝贝训练家，我以最强的神奇宝贝训练家的身份，…

在电影开始开篇，场景好像被设置在一片大森林中。在森林内， 一声强力的呼救被一个叫Yukinari的男孩听到了。Yukinari是一个在残酷社会中比较天真的男孩，但这次经历对他来说是可能使他终身受益。当他进入森林的时候，他遇见一个叫Mik…

在这个布满运河及迷宫的美丽水都，小智、比卡超以及一班好朋友遇到拥有不可思议力量的宠物小精灵拉帝欧斯和拉帝亚斯，这对感情非常要好的兄妹一直默默地守护著水都的秘宝「心之结晶」。但是，一对怪盗姊妹看上这件秘宝并开始进行抢夺行动…

千年一次的彗星之夜里，愿望将会实现…… 立志成为出色的神奇宝贝训练师的小智、小遥和小胜，带着皮卡丘展开了新的旅程。为了观看千年彗星出现的刹那，来到恩斯游乐场，并认识魔术师巴特勒与戴安。在魔术表演中，小胜听到一阵细微的呼唤…

为了调查栖息在冰原地区的神奇宝贝，科学家伦多博士带著儿子小超和助手优子来到极地。突然，从遥远的宇宙飞来的陨石撞击到地表。这时仔细一看，从陨石坑中出现了DNA神奇宝贝「代欧奇希斯」！它拿起一颗里面闪透著绿光的陨石正在端详的时…

持续旅行的小智皮卡丘一行，来到了流传着“波导传说”的城镇：欧鲁德朗城。在城市的中心，举行着对数百年前的“波导之勇者——亚郎”而举行的祭典。小智与皮卡丘决定参加今年勇者对战。激烈的战斗之后，获得了冠军的小智当选为当年“波导…

持续旅行的小智一行人，来到了被丰富自然的河川环绕的城镇米季纳。这个城镇里拥有数千年前的遗迹，小智等人在巨大的岩山上朝遗迹前进。在巨大的岩山上朝遗迹前进。突然，遗迹附近的湖刮起了水龙卷并向小智等人逼近，就在快被龙卷风卷入时…

在每年一部的《神奇宝贝》剧场版面前也难以匹敌（战绩请看：日本动画电影历代票房收入排行榜 2007日本剧场版动画票房十强出炉），作为系列的第13弹作品，《神奇宝贝》剧场版《幻影的霸者索罗亚克》于2010年7月10日起在全日本东宝系新片隆…