长久以来，名为“荒魂”的魔物威胁着人类世界的安全，然而一物降一物，对抗荒魂，则要请出随身携带着御刀的巫女们。她们隶属于日本特别祭祀机动队，是一群特殊的存在。平日里，巫女们在学校中过着平凡的校园生活，然而，一旦荒魂开始肆虐…

本应该作为僵尸复活的石川啄木，却阴差阳错将新撰组复活。新撰组以复活“EZO共和国”为目标，对北海道展开侵略！察觉到危机存在的克拉克博士协同弟子新渡户稻造，苏醒最终兵器“法兰雀丝卡”！为阻止新撰组的野心法兰雀丝卡站了出来。以…