故事讲述了小新偶遇一名国籍不明的少女“莱梦”，并被“莱梦”指定成为正义间谍，小新便在“莱梦”的指导下开始了间谍训练，为了正义，小新将与“莱梦”并肩作战…… 　　曝光的海报上，醒目写着“爸爸、妈妈，其实我是一名间谍。”预示…

小新住的城市春日部，最近正进行着提倡善待地球的环保活动，小新也和大家一起开展捡垃圾活动。期间，小新偶然捡到了一瓶看似好好味的饮料，于是他拿了回家放在冰箱里。可是，他刚想喝的时候却发现爸爸和妈妈早把饮料喝完。然后，喝完饮料…

一天早晨，小新一家人正为了晚上的烧肉大餐而兴奋莫名，却被一名突然闯入的男子打乱了一切，自此原本过著安逸生活的一家人竟成了通缉要犯，还被神秘组织"甜蜜男孩"追讨一项没有人知道是什么的"那个东西"！为了…