涉谷有利被厕所冲进异世界，此世界分为两个种族，人族和魔族。魔族有着强健的体魄和超长的年龄，在力量上也有着得天独厚的优势。而人族只拥有和你我相同的所有特征，力量方面只能靠挖掘出的能释放法力的石头来和魔族的力量相持。魔族的力…

由玩家建立的阿尔卡特王国的九个贤者之一，充满威严的老年传唤术士丹伯夫也是玩家之一。有一天，他发现了世界的异常，产生了游戏中没有的味觉和嗅觉，也不能注销。而且，NPC还做出了很有人情味的反应。

故事发生在位于关东南部的川神市，春天来临，万物复苏，平凡的少年直江大和（神谷浩史 配音）来到了川神学园，准备在这里开始全新的校园生活。刚刚开学，校园里是一副欣欣向荣的热闹景象，在这里，大和会遇见怎样有趣的伙伴，又会发生怎…

因为拥有能够看到妖精的特殊体质，少女莉迪雅（水树奈奈配音）常常遭到同伴们的排挤和孤立，但是即便如此，莉迪雅依旧决定利用自己的能力，成为一个专门处理人类和妖精之间事宜的妖精博士。某一日，在渡轮上，莉迪雅遇见了一位神秘的金发…

世界的崩溃开始了。　　暴走的大缅因猫兽吸收了黑暗进化的迪路兽、　　用强大的力量进化成了秩序兽。　　根据世界树的想法，现实世界将被数码世界所吞噬。　　在绝望迫近的时候，被选中的孩子们拼命地向前。　　现在太一不在了，能代替他…

看到搭档望月芽心被有着玄内样貌的神秘男人所伤，　　缅因猫兽再度开始暴走。　　“不能让你诞生在世上…”　　从现实世界消失的缅因猫兽，正是歪曲本身。是拥有过于巨大力量的，毁灭世界的钥匙——　　西岛大吾以及出现在望月博士之处的…

缅因猫兽的暴走，以及由此引发的重启。　　留下苦恼的芽心，太一等人前往数码世界。　　重逢的搭档数码宝贝们，失去了至今为止的全部记忆。　　即使如此也为了再次筑起羁绊，而伸出手去的被选召的孩子们，与回应此的数码宝贝们。　　但，…

太一等人因为狮子兽的死产生了动摇，而光子郎则提议找出缅因猫兽被感染的真相。但作为缅因猫兽主人的芽心却想不到为何缅因猫兽会被感染。　　为了防止其他数码宝贝被感染，光子郎在办公室建立了隔离区，然而巴达兽却已经出现了被感染的征…