真新镇的少年年满10岁之后，就可以得到训练神奇宝贝的资格。10岁的少年小智（松本梨香 配音）以成为最厉害的神奇宝贝训练大师为目标，即将踏上了修行之旅。小智因为早上赖床迟到，险些失去挑选神奇宝贝的资格，无奈下他领走了一只被挑剩…

桃园爱一行人将要去横滨的摩天轮那里玩，目的当然是要去宣传自己的知名度，在大赛中出场获得冠军。不过却在途中迷路了。正在惊慌寻找会场的时候，突然遇见新敌人，新敌人的目的是要毁灭难得一见的彩虹奇迹，并要吞噬掉整个摩天轮和表演会…

某日，小新（矢岛晶子 配音）在河堤上捡到了一瓶神秘的液体，把它带回家放在了冰箱里。哪知道美伢（楢桥美纪 配音）和广志（藤原启治 配音）在无意之中将其喝下，隔天竟然变异成为了动物。　　之后，一个神秘的环保组织SKBE掳走了小新一…

某日，小新（矢岛晶子 配音）在街上遇见了一只黑色的小狗，因为它和小白犹如一个模子里刻出来一般相像，小新将它取名“小黑”，带回了家。之后，一位名叫普莉林的美丽女子出现在小新的面前，普莉林告诉小新，他是被选中的勇者，黑暗世界…

某一天，宇宙人西里里来到小新家中，并使用特使光线把变爸爸野原广志　　和妈妈野原美伢回了小孩子模样，如果想恢复现状，必须帮助西里里找回自己的父亲，就这样大家踏上了寻找之旅……

故事发生在梦的世界里。剧团一人从很早之前就一直对“梦”非常感兴趣，这次他将“梦”选为作品的主题，要为观众们展现出“梦”不可思议的魅力。在本作中，小新立志要改变一名少女的命运，并且拼命帮助朋友。