上海富商童执中有三个女儿，人称“童氏三花”，大女儿童寒云，嫁给了日本人东野太郎，而东野真正的身份是共产国际潜伏在日军内部的情报员，为了理想正义，而牺牲了生命；二女儿童秋林，经过了我党的情报训练，变成了一位优秀的女情报员，…

于立海妻子临产却身无分文，只得挺而走险潜入石辉家中行窃，不料被当成杀人犯。为洗刷罪名，于越狱并于慌乱中潜入庄小四家中。庄的未婚夫石威是当地的势力人物。为摆脱警察追捕，于无奈挟持庄作人质继续逃亡，在庄的帮助下终于查真相。原…

京城出现天启通宝的假币，皇帝大怒，命六扇门彻查此事，玄武小组成员奉命调查此事，顺藤摸瓜发现巨贾柳百川与假币案有千丝万缕的联系，随着调查的深入，他们发现了柳百川的另一个身份，也由此离真相更近了一步。

多年前一次失误，捕头周冲多名部下丧命玄铁镖，周冲也一蹶不振。最近内阁大臣蒋进之女遭绑架，案发现场竟发现了玄铁镖踪迹，周冲请命重回六扇门，顺藤摸瓜打入敌穴，救出蒋进之女，并一步步接近当年阴谋的真相……

一宗多年前的杀人案浮出水面，牵出一个在逃的杀手，六扇门捕快张一和刘魁联手侦查，发现案中有种种蹊跷，就在案情逐渐大白时，刘魁和张一的身份也浮出水面，刘魁为了张一牺牲了自己，而张一则决定和过去诀别……

高丽叛军突起，大明援其火器并由高丽将军崔代元押送，不料途中被劫，六扇门玄武小组调查发现是监守自盗盖因崔之义女被叛军绑架，陷崔于两难境地。玄武小组为崔打动，誓在追回火器的同时救出人质，保其忠义两全！

张一奉命执行一项任务，不想却中了圈套。周冲带着祝英前去营救，里应外合救出张一，并从倭寇手中救出数名村民，将倭寇头子竹下一郎正法，投敌叛国的将军刘孟受到惩罚。周冲和张一祝英正式组成"玄武"小组。