变种人的领袖X教授主张对人要宽容，万磁王相信适者生存的理论。两人的想法南辕北辙，将整个变种人的世界推进到最紧的状态，战争已经一触即发。经过几番周折和惊心动魄的战争之后，最终金刚狼还是将“凤凰女”忍痛杀掉，以结束灾难。但是…

第一季的最后一集，当迈克（文特沃斯 米勒 Wentworth Miller 饰）和林肯（多米尼克 珀塞尔 Dominic Purcell 饰）他们跑到黑帮老大阿布鲁奇派来的飞机所停泊的地方时，飞行员因为安全问题而没等到他们就离开了。逃脱的囚犯们只能望天长叹…

琴（法米克·詹森 Famke Janssen 饰）的死亡在X战警中造成了持续的影响，斯科特和金刚狼罗根（休·杰克曼 Hugh Jackman 饰）恍然若失。学院的教学任务落在了风暴女（哈莉·贝瑞 Halle Berry 饰）和金刚狼等人的肩上，异种人在这里才能得…