该动画讲述的是由4只基因突变的乌龟所组成的忍者团体，并得到斯普林特师父的忍术训练和指导的故事。他们住在纽约曼哈顿的下水道，夜间出动，打击街头犯罪、邪恶势力和外星入侵，同时他们始终和外界社会保持距离。

武艺高强的吴大师秘密训练了4位擅长幻影旋转术的幻影忍者，他们正在寻找4件威力无比的黄金幻影武器，以维护世界和平。邪恶魔王加满都和他的骷髅军团紧随其后，企图夺走武器并作恶世界。勇敢的幻影忍者们踏上征途、一路战斗、征服神龙穿行…

故事以16岁的暗行忍者阴守护为主角，眼镜片很厚，行动呆头呆脑的他怎么看都不像个身手好的忍者。不过事实上，阴守家世代担任着保护绀若家的工作，原因是将军不希望好吃的蒟蒻从他手中失传，因此命令阴守一家人保护制作蒟蒻的绀若家！阿护…

庆长19年，73岁高龄的德川家康为了第三代将军继承人人选的问题而烦恼。是愚笨的哥哥竹千代，还是天资聪慧的弟弟国千代。在这乱世里第三代将军的继承问题落到了两大忍术宗家－－甲贺流和伊贺流的身上。家康决定由两家各派出10名最优秀的忍…

将施奈德回老家之后，四只原本亲如兄弟的神龟由于没有了敌人，于是不再想以往一样一起战斗，而是各自在喜欢的领域内钻研，以往一起行动的忍者神龟们变成了四个独来独往的“独行侠”！ 这时，纽约市中发生一连窜的怪事。原来实业家马克西…

NHK初のギャグアニメとして放送され、爆発的な人気を呼んだTVアニメが映画化。八宝斎に盗まれた硝石を取り戻すため、忍たま3人組は八宝斎の城にのりこむが…。

安娜无法忍受丈夫卡列宁的伪善和冷漠，与青年军官沃伦斯基相爱，但卡列宁为了名誉和地位不愿离婚，使安娜受到当时上流社会的轻视和攻击。这时沃伦斯基也背弃了安娜，安娜愤然自杀。

在打败了长久以来的劲敌、终极反派史莱德之后，神龟们也开始面对“成长的烦恼”了，他们不再一起战斗，而是开始专注于自己喜欢的领域，成了四个形单影只的“独行侠”。这种情况让他们的恩师斯普林特异常担心，对于他来说，最重要的就是和…