在1984年的春天，一个奇怪的新漫画书坐在收银机在选择商铺。伊士曼和Laird的忍者神龟提出一个完全原创的超级英雄的品种。这太奇怪疯狂了。它打破了所有的规则和不应该工作。无视每个反对者成为世界上最受欢迎和爱戴的特许经营权。

公元23世纪，人类已经移民到了火星。某日，火星出现了一艘外型颇像纸鹤的外星人宇宙飞船，并且还有另一股拥有忍者造型的外星人势力正在追杀它。对火星军高压政策不满的少年少女乔、麦克与雷咪，意外地卷入了这场外星人之间的争斗。

1555年，时为战国时代。有位青年怀抱着远大的梦想，被人称作大傻瓜的他正是后来的织田信长。有一位仰慕着青年的少女，被信长的梦想所吸引的她笑着说道“我要成为信长大人的忍者！”目标只有一个，那就是天下布武！

武艺高强的吴大师秘密训练了4位擅长幻影旋转术的幻影忍者，他们正在寻找4件威力无比的黄金幻影武器，以维护世界和平。邪恶魔王加满都和他的骷髅军团紧随其后，企图夺走武器并作恶世界。勇敢的幻影忍者们踏上征途、一路战斗、征服神龙穿行…

该动画讲述的是由4只基因突变的乌龟所组成的忍者团体，并得到斯普林特师父的忍术训练和指导的故事。他们住在纽约曼哈顿的下水道，夜间出动，打击街头犯罪、邪恶势力和外星入侵，同时他们始终和外界社会保持距离。

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故事以16岁的暗行忍者阴守护为主角，眼镜片很厚，行动呆头呆脑的他怎么看都不像个身手好的忍者。不过事实上，阴守家世代担任着保护绀若家的工作，原因是将军不希望好吃的蒟蒻从他手中失传，因此命令阴守一家人保护制作蒟蒻的绀若家！阿护…

将施奈德回老家之后，四只原本亲如兄弟的神龟由于没有了敌人，于是不再想以往一样一起战斗，而是各自在喜欢的领域内钻研，以往一起行动的忍者神龟们变成了四个独来独往的“独行侠”！ 这时，纽约市中发生一连窜的怪事。原来实业家马克西…