想要金钱玩乐，所以向地下钱庄借钱的青年梶隆臣，在被追债的时候，遇见了一个神秘的男子斑目貘自称赌徒的貘，夸下海口说要帮助梶还清欠债，於是他便带着梶闯进了地下赌场……

在学园都市制作的宇宙升降机“恩底弥翁”完成在即之时，上条当麻和茵蒂克丝与拥有“奇迹”的歌声的少女鸣护阿丽莎相遇，然而阿丽莎却会引发魔法世界和科学世界之间的战争，故事也由此展开。