100年前，沙漠之都——迪塞尔市因为神奇宝贝之间的战斗而遭受严重破坏。那场战斗的起因是由于一只神奇宝贝的存在。在这只神奇宝贝后来被某人封印了，现在的城市也找回了曾经的平静……在小智与皮卡丘一行人的旅途中，他们遇到了幻之神奇…