在电影FTF里出现的变种alien从一个基因技术研究公司的员工肚子里钻出来逃跑了。Mulder和Scully找到了Gibson，他带Mulder去找那个alien。Scully证明出Gibson可能是外星人（所有人类都可能是）。X档案现在由Spender和Fowley…

外星人与政府的阴谋随着逼近大结局而越来越明显。大结局《真相》(The Truth)里，穆德得到线报又回来寻找真相了，但是他却因同超级战士的搏斗而被关进了监狱，控以谋杀，接受审判。但是穆德否认指控，因为简单手法根本杀不死超级战士。道…

梅雷迪思、理查德和亚历克斯必须处理贝利因保险欺诈而解雇他们后的后果，在迷雾中消失后，杰克逊帮助一个处境危险的人，汤姆在医院承担新的责任。

穆德失踪后，史考莉请约翰·道格特探员帮忙，连同斯金纳、孤枪手等一同寻找穆德。鉴于无法找到穆德，FBI决定让道格特探员正式接手X档案，而此时的史考莉在与穆德共事多年后也早已相信X档案中一系列“灵异事件”的真实性，于是她开始了与…

穆德失踪后，史考莉返回FBI总部请约翰·道吉特探员帮忙寻找她的搭档，但无任何结果。于是，她与史基勒一起找到了孤枪侠，希望能够发现穆德失踪时UFO的活动情况以从中找到线索。经过一番调查，他们发现了一个名叫吉布森·佩雷茨的人，但此…

外星人与政府的阴谋随着逼近大结局而越来越明显。大结局《真相》(The Truth)里，穆德得到线报又回来寻找真相了，但是他却因同超级战士的搏斗而被关进了监狱，控以谋杀，接受审判。但是穆德否认指控，因为简单手法根本杀不死超级战士。道…

格蕾终于摆脱了德瑞克和兽医间的三角恋情，依自己的心意选择了所爱的人。伊兹在丹尼死后一蹶不振，甚至想要放弃成为外科医生的梦想。克莉丝汀知道了柏克的秘密后，一直企图帮他掩饰。而乔治和性感火辣的住院医师之间的关系变得更迷离。而…

当一群雄心勃勃的青春脸庞，迎着秋日的朝阳，走进格雷斯医院的那一刻起.这座闪耀着成就之光的医院，将成为他们彼此竞争，追求更高医学荣耀的试场。与此同时，这座散发着浓浓人情味的人生之所也将成为这群年青的实习医生情牵爱转，意落神…