故事以大都市纽特市为舞台，在那里正在兴建为保护神奇宝贝而设立的设施神奇宝贝山庄，即将在近期完工。但是因失去了过去的故乡，而将所见的一切都视作敌人攻击的盖诺赛克特也出现在这里！只见他朝着在现场的小智和皮卡丘发射破坏技术，千…