该部作品以文明遭到毁灭的石之世界为背景，讲述了拥有超人般头脑、天生的科学少年，千空决意用科学的力量复原世界的文明，将世界恢复原状，与伙伴一同创造文明的奇幻冒险故事。

全人类因谜般的现象而在一瞬间石化，之后过了数千年——。拥有超越人类的头脑，天生的科学少年·千空苏醒了。“从石器时代到现代文明，要跨越这科学史上的200万年！”。在这走投无路的状况中，千空寻找着伙伴，决心取回原先的世界！