《游戏王5D’S》以游戏所在时代的数十年后的未来世界为舞台，地点在“童实野町”，讲的是18岁的主角不动游星集齐5龙卡的全新故事！在「5D''S」的时代，十分流行以骑乘型最新决斗盘进行的高速决斗！游星与使用决斗盘和卡片游戏组合的竞技…

以决斗守护新童实野市的不动游星被为了毁灭世界而从未来世界来的神秘男子·帕拉多克斯夺走作为自己王牌怪兽的星尘龙。 游星进行时间旅行，来到能使用卡片精灵力量的游城十代那里。游星在此得知事件的真相。那真相究竟是