上一部结尾，尼奥（基奴李维斯 饰）终于意识到自己的能力和使命，中弹复活后，变成了无所不能的“救世主”，他和女友崔妮蒂（凯莉·安·摩丝 饰），舰长墨菲斯（劳伦斯·菲什伯恩 饰）回到了人类的基地锡安，受到人们的热烈欢迎。此时，…

暴风骤雨的夜晚，一架民航班行在雷电交加的风暴云团中的颠簸前行，机长忽然失去了和地面控制台的联系，自动导航系统失灵，他们不知道已经进入了俄罗斯的领空…… 在俄罗斯的地面控制中心，雷达发现了一架不明飞机正向国界飞来，但是警告…