千年一次的彗星之夜里，愿望将会实现…… 立志成为出色的神奇宝贝训练师的小智、小遥和小胜，带着皮卡丘展开了新的旅程。为了观看千年彗星出现的刹那，来到恩斯游乐场，并认识魔术师巴特勒与戴安。在魔术表演中，小胜听到一阵细微的呼唤…

某天，在真的耳边出现一阵口琴的声音，受到这阵怀念的口琴声所吸引而爬上屋顶的真在那里与一名少女相遇，这名少女便是真过去的青梅竹马，就这样，在这个不可思议的街道上属于主角们的故事正悄悄揭开序幕……